输出结果文件

mobivision chip默认输出结果文件如下，总计25个文件，其中SAMPLEID_out文件为软件自动生成，无需用户指定：

1._flagdone为运行成功的flag文件

2.logs为运行日志文件夹

3.run_analysis_cmds.txt是完整命令行记录

4.SAMPLEID_out是输出结果文件根目录

5.filtered_cell_fragments_matrix是过滤后的细胞-片段矩阵文件根目录

6.filtered_cell_peaks_matrix是过滤后的细胞-peak矩阵文件根目录

7.SAMPLEID.bam是比对结果文件

8.SAMPLEID.bw是比对结果可视化文件

9.SAMPLEID.filtered.bed.gz是去重并过滤后的片段文件

10.SAMPLEID_Report.html是html格式的质控报告

11.AMPLEID_Report.json是json格式的质控报告

12.summary.csv是csv格式的文库信息

13.raw_cell_peaks_matrix是未过滤的细胞-peak矩阵文件根目录

14.fragmentsInCells.tsv.gz为过滤细胞后所得的片段文件

15.fragmentsInCells.tsv.gz.tbi为过滤细胞后所得的片段文件的索引文件

16.SAMPLEID.narrowPeak/broadPeak为全文库peak文件

17.peaks_annotation.tsv.gz为检查到的peak的注释信息

18.statistics.all.csv为质控结果信息文件

质控报告释义

mobivision chip分析完成后，会生成一html质控报告，报告分为6个板块；

01 Overview

样本栏包含以下信息：

sample ID：样本名称

Reference：参考基因组名称

Library：文库名称+抗体名称

Pipeline Version：分析软件版本

02 Cells

Cells栏左图为Barcode Rank Plot，右侧为细胞相关指标，内容与overview栏目一致。该报告通过统计每个细胞标签对应的有效片段数目，并将细胞标签按照有效片段数目由高到低排序，获得细胞标签序号。例如有效片段数目最多的细胞标签，序号为1，以此类推。以细胞标签序号作为x轴横坐标，用对应细胞标签的有效片段数目作为y轴纵坐标，作图，得到Barcode Rank Plot。用户也可通过点击对应栏目的右上角问号，获得更为详细的help信息（其他栏目也相同），如下：

03 Mapping

Mapping栏左图为片段长度分布图，横坐标为文库中片段的长度，纵坐标为片段的数目，整体展示了不同长度的插入DNA片段分布。Mapping栏右侧为文库的比对信息。

04 Targeting

Targeting栏左图为Peaks Targeting Plot，图中一个点代表一个细胞标签。x-轴代表每个细胞标签标记到的片段数，y-轴表示每个细胞标签中，与峰重合的片段的占比。‘细胞’与‘非细胞’分别用不同的颜色表示。Targeting栏右侧为文库中检测到的峰的信息。

05 Sequencing

Sequencing栏左图为文库复杂性曲线图 Library Complexity Plot，该图展示了此文库在不同测序深度下（通过随机降低取样获得）平均每个细胞检测到的片段数目。当文库中所有片段均被检测到时，单个细胞的片段数将不再随着测序深度的增加而升高。右侧为文库信息结果。

06 t-SNE Projection

t-SNE Projection栏左图为有效片段数t-SNE图，该图展示了单个细胞中的有效片段数量。X、Y轴分别对应由t-SNE算法产生的二维嵌入坐标。一个点代表一个细胞，细胞含有的有效片段越多，表明该细胞检测到的ChIP信号越多。右图为分群聚类t-SNE图，该图展示了通过细胞聚类算法计算得到的细胞分布情况。一个点代表一个细胞，点之间颜色越接近，表明其代表的细胞之间的ChIP信号图谱越相似。