可以被分为两种情况：

1. 使用--intron excluede参数时，一条read只有比对到一个基因的外显子区域（read有超过50%的长度比对到了外显子区域），才会进入计数，如果比对到内含子区域或基因间区，则不进入计数；

2. 使用--intron included参数（此为默认参数）时，一条read只有比对到一个基因的外显子或内含子区域（read有超过50%的长度比对到内含子和/或外显子区域），才会进入计数，如果比对到基因间区，则不进入计数。