1. 新增命令integrate，扩展了命令集。

2. 加入了新的cutadapt序列剪切步骤，并改进了过滤方法以确保更干净的polyA切除。

3. 结果文件中的bam文件内容调整，增加unmapped reads信息和新的tag，改进了mapping info及seq saturation计算。

4. 更新了h5ad文件，改为包含完整矩阵信息。

5. 增加了cell_metrics文件及total genes detected信息，并写出于summary.csv文件中。

6. 改进了HTML报告的物种信息读取及mapping information参数调整，使其更接近cellranger的设置。