Paired Clonotype Diversity是单细胞VDJ测序数据中用来评估克隆型多样性的一个指标。它基于同一细胞中的配对的重链和轻链VDJ重排信息，计算出同一细胞中的克隆型数量，并对不同细胞的克隆型进行聚类，得到每个聚类中包含的不同克隆型数量。Paired Clonotype Diversity指标即为不同聚类中克隆型数量的平均值，通常用来描述单个细胞内的克隆型多样性。

Paired Clonotype Diversity计算的具体过程如下：

1. 对每个细胞中的重链和轻链VDJ序列进行拼接，得到一个全长的VDJ序列。。
2. 利用VDJ分析软件对全长VDJ序列进行克隆型分析，得到同一细胞中的克隆型信息。
3. 对同一细胞中的克隆型进行聚类分析，得到不同聚类中包含的克隆型数量。。
4. 计算所有克隆型的细胞数的逆辛普森指数，得到PairedClonotype Diversity指标。

Paired Clonotype Diversity的值越高，代表单细胞内克隆型的多样性越高，单个细胞中包含的不同克隆型数量越多。该指标可以用来比较不同细胞类型、不同实验条件和不同处理方式对单细胞内克隆型多样性的影响。需要注意的是，Paired Clonotype Diversity能反映样品内的克隆型多样性。在墨卓的websummary.html质控结果的VDJ注释部分，含有Paired Clonotype Diversity的结果值，可以为克隆型多样性提供参考。