单细胞5’转录组与V(D)J联合分析时，细胞数目相差较大，一般会出现在两种情况下。一种是V(D)J细胞数量远小于GEX细胞数量，常见于TCR，由于TCR基因的常低表达，有时候不能拼接全长，丢失了一些真实的基因，造成假阴性的结果；另一种是VDJ细胞数量远高于GEX细胞数量，常见于BCR，由于BCR基因的常高表达，特别是含有浆细胞时，会有较多的背景mRNA，导致空液滴也会被计算在内，造成假阳性的结果。因此，将VDJ结果与5'转录组数据的联合分析会提高分析结果的准确性。