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MobiVision®-M为解压即用软件。每新开一个shell终端,用source激活环境即可使用。

MobiVision®-M接受二代双端测序下机数据作为输入文件。并且能够自动合并多批次的下机数据。例如:

MobiVision以以下范式识别下机数据:
(profix)(flag)(postfix)(type)
其中:
flag用于判断测序文件来自R1还是R2。目前支持R1|R2|1|2。
profix和postfix为flag前后的字符串。若未制定id,则profix会作为id。postfix可以为空。
type为文件后缀,支持的后缀有fastq|fq|fastq.gz|fq.gz。
MobiVision®-M会检查输入文件夹下每个文件,将符合改范式的文件作为待分析数据。
MobiVision®-M认为有相同的profix+postfix+type的下机数据来自同一测序批次。如果检测到了多个批次,则会将多批次数据按顺序和并后,再分析。
三个输出矩阵区别如下:

一般来说,这两种情况均可以通过指定细胞数解决。
增大细胞数会降低中位基因数,反之亦然。需要根据样本实际情况调整。
默认参数下,MobiVision®-M会删除bam文件以及未必对成功的reads文件。
若需要保留这些文件,则需要在命令中加入--keep_bam(保留bam)和--keep_unmap_reads(保留未必对成功的reads)