Q: 什么样的情况下,才会被记为UMI Count?

可以被分为两种情况:

1. 使用--intron excluede参数时,一条read只有比对到一个基因的外显子区域(read有超过50%的长度比对到了外显子区域),才会进入计数,如果比对到内含子区域或基因间区,则不进入计数;

2. 使用--intron included参数(此为默认参数)时,一条read只有比对到一个基因的外显子或内含子区域(read有超过50%的长度比对到内含子和/或外显子区域),才会进入计数,如果比对到基因间区,则不进入计数。