Q: 人的reference构建出来的index文件多大?从哪里可以下载各类物种的fasta或gtf?

mobivision mkindex命令可用于构建reference参考基因组,且指定不同的-m参数,使用不同来源的参考基因组,均会导致构建的reference参考基因组大小并不一致,-m指定值越大,构建的参考基因组也越大,且分析速度也会更快。-m默认值为16,若使用默认参数构建人的reference,其参考基因组文件夹大小约为19G,构建reference代码如下:

mobivision mkindex -n GRCh38\
-f GRCh38.primary_assembly.genome.fa\
-g gencode.v38.primary_assembly.annotation.gtf\
-r human-gencode-v1.0