Q: 待分析的原始fastq,文件命名有什么要求吗?

在进行原始FASTQ文件的分析之前,通常需要对文件进行命名。虽然不同的实验室和分析流程可能有不同的命名规则,但通常应该满足以下一些基本要求:

  1. 文件名应该能够清晰地反映样本来源,包括样本编号、组织来源、处理方式等信息。这些信息可以用下划线或短横线等字符分隔,例如:
    Sample1_Blood_RNAseq_R1.fastq(.gz)与Sample1_Blood_RNAseq_R2.fastq(.gz)。
  2. 文件名应该包含一些关键的实验信息,例如测序类型与测序平台等信息。这些信息可以用下划线或短横线等字符分隔,例如:Sample1_Blood_RNAseq_Illumina_PE.fastq(.gz)。
  3. 文件名应该能够唯一标识每个FASTQ文件,避免重复命名或覆盖已有数据。可以使用独特的文件名或带有时间戳的命名方式,例如:Sample1_Blood_RNAseq_Illumina_PE_20220331.fastq(.gz)。
需要注意的是,命名规则应该保持一致,并且尽可能遵守一些通用的命名约定,以便于数据管理和共享。此外,一些分析软件和工具可能需要特定的文件名格式,因此在进行分析前应该查看相应软件的文档,以确定文件名的具体要求。墨卓的单细胞V(D)J输入文件命名方式详见第8个问题。