mobivision mkindex命令可用于构建reference参考基因组，且指定不同的-m参数，使用不同来源的参考基因组，均会导致构建的reference参考基因组大小并不一致，-m指定值越大，构建的参考基因组也越大，且分析速度也会更快。-m默认值为16，若使用默认参数构建人的reference，其参考基因组文件夹大小约为19G，构建reference代码如下：

推荐使用来源于gencode或ensemnbl网站的fasta文件和gtf文件构建参考基因组，其中，gtf注释文件至少包含exon、gene、transcript三类基因组信息。